В последних версиях calculate добавлена возможность грузиться по pxe с монтированием корня по nfs.
Для этого в initrd копируется /sbin/mount.nfs, однако ни в зависимостях calculate-sources ни в опциях cl-kernel или /etc/genkernel.conf про nfs ничего не сказано.
Поэтому при сборке образа из stage либо из cls, сборка ядра прерывается после продолжительной компиляции(что особо неприятно) из-за отсутствия этого файла.

Предлагаю добавить к calckernel опцию включающую/выключающую nfs(не всем он нужен), а в calculate-sources добавить USE=nfs флаг влияющий на эту опцию и включающий в DEPEND net-fs/nfs-utils.