Предлагаю несколько упрощений файла /etc/init.d/calculate

 1 
--- /mnt/scratch/calculate/etc/init.d/calculate 2012-10-11 07:03:25.000000000 +0300
 2 
+++ /mnt/scratch/delta/etc/init.d/calculate     2012-10-13 23:15:16.548271450 +0300
 3 
@@ -27,11 +27,7 @@
 4 
 5  is_already_install()
 6  {
 7 
-       local pkg=$1
 8 
-       local category=`echo $pkg | cut -d\/ -f1`
 9 
-       local pkg=`echo $pkg | cut -d\/ -f2`
10 
-       local categoryPath=/var/db/pkg/${category}
11 
-       [[ -e $categoryPath ]] && ls $categoryPath | grep -q "^$pkg" 
12 
+       ls -ld /var/db/pkg/$1* &>/dev/null || false
13  }
14 
15  install_pkg()
16 
@@ -139,7 +135,6 @@
17         local roottype=`variable_value os_root_type`
18         if [[ $roottype == "livecd" ]]
19         then
20 
-               touch /* /bin/* /sbin/*
21                 udevadm trigger --action="add" --subsystem-match=net
22         fi

Первая часть - в пяти строках проводится элементарная проверка на наличие файла. Эту же проверку можно сделать одной строкой.

Вторая часть - я вообще не могу понять, для чего touch-ить исполняемые файлы на livecd.

Проблема в том, что копирование этих файлов в workspace создает проблемы при загрузке в scratch-режиме.
При обновлении базовых библиотек(и соответственно зависящих от них утилит) многие исполняемые файлы в могут delta измениться, но в работающей системе будут доступны старые версии, с уже побитыми зависимостями.

Единственное разумное объяснение, которое я нашел - это чтоб подгрузить исполняемые файлы в память, для ускорения доступа к ним в последующем (хз зачем правда)
Но это проще (и наверно правильней) сделать командой:
find /bin/ /sbin/ -type f -exec cat \{\} + >/dev/null
При этом, при обновлении в /mnt/builder и выходе из cl-builder режима, при перемонтировании корня, вышеописанная проблема не возникнет.