С переходом на libreoffice-3.6 появился набор USE-ов LIBREOFFICE_EXTENSIONS
По умолчанию включены libreoffice_extensions_presenter-console libreoffice_extensions_presenter-minimizer
Предлагаю включить следующий флаг LIBREOFFICE_EXTENSIONS="pdfimport presenter-console presenter-minimizer"

Ключ libreoffice_extensions_pdfimport является по сути своей аналогом ключа pdfimport из более старой версии либры, а он был включен.

# grep -r 'app-office/libreoffice.*pdf' /var/lib/layman/calculate/profiles/calculate/
/var/lib/layman/calculate/profiles/calculate/desktop/package.use:app-office/libreoffice pdfimport webdav