Уже не в первый раз сталкиваюсь с ситуацией, когда named не резолвит имена после ребута.
Если вручную перезапустить его, то он начинает работать без нареканий.

Причиной такому поведению явилась последовательность запуска демонов named и slapd - последний стартует значительно позднее певого.

В качестве решения проблемы я в /etc/rc.conf добавил следующие строки:

rc_named_after="slapd" 
rc_dhcpd_after="named" 
rc_samba_after="named"

В данном случае исправляет проблему только первая строка. Две другие добавлены "на всякий пожарный".