суть пролемы - initrd ищёт модуль для overlayfs и не находит, но модуль вкомпилен в ядро и по факту функционал доступен.

проблема в плагине к dracut от calculate

usr/lib64/dracut/modules.d/80calculate/scratch-mount-root.sh

mount_live_root() {
if find /lib/modules/ | grep -q overlayfs
then
mount_live_root_overlay
else
mount_live_root_aufs
fi
}

т.е. проверяется именно наличие файла с overlayfs, которого ожидаемо нет, т.к. модуль вкомпилен в ядро.

правильно всё же проверять наличие модуля не по файлу.

calculate 14.12.1 + все обновления по 17.03.2015