При сборке/обновлении ядра через cl-kernel (стандартными утилитами calculate), grub 2 при обновлении посредством grub2-mkcongif -0 /boot/grub2/grub.cfg initramfs автоматически не подхватывается и следовательно calculate linux не загружается. При сборке того же ядра через genkernel , grub2 спокойно подхватывает initramfs. Думаю это баг cl-kernel.