Из-за особенностей работы samba Windows в некоторых случаях неверно определяет права на удаление файлов.
В результате может получиться следующая ситуация: Есть каталог, из которого пользователь может читать, может создавать в нем файлы и подкаталоги, но сам каталог удалять не может. Однако при попытке его удалить, система не сообщает ничего, а блогополучно его "удаляет". Но после обновления содержимого окна, каталог вновь оказывается на своем месте. Только уже пустой - содержимое Windows удалить смогла.

Чтобы такого не происходило и выдавалась ошибка о невозможности удаления, нужно добавить в секцию global конфига самбы следующую строку:

acl check permissions = yes

По какой-то причине он отключен по-умолчанию, а должен быть включен.

Подробнее