Проблема старая, лечится запуском cl-setup-system после обновления.
Имею правленные копии шаблонов:
/var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.5/3_ac_install_live/1-merge/sys-boot/grub/splashutils/default.grub и
/var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.5/3_ac_install_live/1-merge/x11-base/xorg-server/X11/xorg.conf
которые лежат соответсвенно в /etc/default/grub.clt и /etc/X11/xorg.conf.clt
Вот сам кусок вывода cl-update:

 * Синхронизация завершена
Конфигурация системы
 * Исправление настроек ...
 * ошибка в шаблоне /etc/X11/xorg.conf.clt
 * ошибка, часть шаблона 'in(os_install_x11_video_drv,other,default)' ошибка: переменная os_install_x11_video_drv не существует
 *   
 * Неправильный шаблон: /etc/default/grub.clt
 * неправильный заголовок шаблона: os_install_root_type!=usb-hdd&∈(os_install_x11_video_drv,other,default)==
 * Не найдена переменная os_install_root_type  
 * ошибка в шаблоне /etc/X11/xorg.conf.clt
 * ошибка, часть шаблона 'in(os_install_x11_video_drv,other,default)' ошибка: переменная os_install_x11_video_drv не существует
 *   
 * Неправильный шаблон: /etc/default/grub.clt
 * неправильный заголовок шаблона: os_install_root_type!=usb-hdd&∈(os_install_x11_video_drv,other,default)==
 * Не найдена переменная os_install_root_type  
 * ошибка в шаблоне /etc/X11/xorg.conf.clt
 * ошибка, часть шаблона 'in(os_install_x11_video_drv,other,default)' ошибка: переменная os_install_x11_video_drv не существует
 *   
 * Неправильный шаблон: /etc/default/grub.clt
 * неправильный заголовок шаблона: os_install_root_type!=usb-hdd&∈(os_install_x11_video_drv,other,default)==
 * Не найдена переменная os_install_root_type  
 * Configuring the grub