Могу добавить, что проблема была также обнаружена и мной, но только на CSS, на Calculate Linux Desktop-е все обновилось нормально. Видимо просто так совпало, что в последнем случае все обновления, что шли в одной сессии с новыми glibc и binutils, оказались бинарными. Суть же проблемы заключается в том, что некоторые объектники из glibc и линкер из binutils (который нужен gcc, используемый для сборки всего почти в системе) оказались очень привязаны друг к другу и в комбинациях с неродственными версиями не работают и никакой юзающий ld компилятор в такой конфигурации системы ничего собрать не может. Так чисто для пользователя да, решение простое - после того как cl-update отвалился с ошибкой достаточно дать команду "eselect binutils set 2" и повторный запуск обновления уже пройдет нормально, но по-хорошему все равно как-то непорядок, лучше бы профилю действительно переключаться автоматически при обновлении пакета.