есть баг в syslog-ng 3.6.* и в более старых на x86. есть подозрение что связано с использованием sshguard.

заключается в загрузке на 100% одного ядра и спамом сообщением "socket operation on non-socket"

картина мне представляется такой: при запуске git файлуха начинает адски тормозить, если в этот момент есть сообщения в sshguard он не успевает подгружаться и вдобавок срабатывает уродский баг в syslog-ng. процесс идёт далее по неприятному пути - syslog-ng убивает одно ядро, git подгружает файлуху, машина начинает адски тормозить. убиение git+рестарт syslog-ng лечит проблему.