Вы можете установить переменную для параметра -u в любом из calculte.env.

[update]
cl_update_profile_sync_set = on

Переключение на другой профиль само собой должно подразумевать его синхронизацию, разве не так? Я же спрашивал, чистят ли утилиты эту папку если нарушена её целостность, или синхронизируют поверх?

При включенном "-u" для репозитория, находящегося в кэше будет выполняться git pull, этого как раз должно было хватить, чтобы система увидела ваши изменения. Вам не помог этот ключ и пришлось удалять кэш?

Не знал что есть такие тонкости, я обратил внимание на этот ключ, когда уже удалил руками папку. Очень раздражают неоднозначные сообщения об ошибках. Я бы нашел причину гораздо быстрее, если бы сообщение имело вид:
Error ... Repository variables were not configured for the profile: /var/calculate/tmp/update/myrepo/profile/calculate.env
Но я узнал об этой папке только после ковыряния в udpate.py и print path_profile
В добавок мне не всегда понятны значения для ключей по умолчанию в выводе --help. Теперь поразмыслив, догадываюсь, что для всех ключей значение по умолчанию OFF. Это так?

Теперь поразмыслив, догадываюсь, что для всех ключей значение по умолчанию OFF. Это так?

Для тех, у которых по умолчанию on в help выводится "(enabled by default)"

Я бы нашел причину гораздо быстрее, если бы сообщение имело вид:
Error ... Repository variables were not configured for the profile: /var/calculate/tmp/update/myrepo/profile/calculate.env

Переменные могут быть установлены в любом из calculate.env в профиле. Поэтому путь однозначно определить не получится.

Сообщение о том, что профиль не Calculate выводится для обычных пользователей, которые возможно пытаются выбрать как раз не Calculate профиль.

Спасибо за ответы, можно закрывать.