В догонку...

eselect kernel list
Available kernel symlink targets:
  (none found)

eselect kernel show
Current kernel symlink:
  /usr/src/linux-3.18.6-calculate

Какие USE флаги у calculate-sources? Какая версия пакета calculate-utils?

[binary   R    ] sys-kernel/calculate-sources-3.18.6:3.18.6::calculate  USE="firmware minimal plymouth symlink themes vmlinuz -build" 

[binary   R    ] sys-apps/calculate-utils-3.3.0.7-r1:3::calculate  USE="client console desktop qt4 server -minimal -pxe" PYTHON_TARGETS="python2_7" 

Каталог /usr/src что содержит?

 ls -al /usr/src/
итого 12
drwxr-xr-x  3 root root 4096 фев  9 22:12 .
drwxr-xr-x 13 root root 4096 фев 17  2013 ..
-rw-r--r--  1 root root    0 ноя  9  2010 .keep
lrwxrwxrwx  1 root root   22 фев  9 22:12 linux -> linux-3.18.6-calculate
drwxr-xr-x 23 root root 4096 фев  9 22:10 linux-3.18.6-calculate

линк на ядро создавал вручную...

А остальные исходники ядер где? Или 3.18.6 переустанавливалось?

Когда вышло 3.18.6 установилось штатно, было проверено и оставлено. Далее собирал несколько своих вариантов (в основном выкидывание ненужного функционала :)), плюс предыдущее почистилось depclean-ом и "останки" вычищены из boot-а и модулей. Сейчас возвращаю стоковое и получаю интересный глюк.

То есть перед установкой пакета ядра calculate-sources ты удалил все пакеты calculate-sources почистил всё из /boot и /usr/src?

Если под удалением понимать

 emerge --unmerge calculate-sources

eselect kernel list
Available kernel symlink targets:
  [1]   linux-3.17.8-gentoo-r1

Пробую ставить calculate-sources, записи о calculate-sources нет.
Может eselect шалит?

eselect считает каталог ядрёным если находит в нём Makefile и Kconfig. Kconfig мы удаляем если ядро бинарное. Собственно поэтому он не видит наших ядер. Поправим.

И отсюда всплывает "Не удалось создать Host-Only initramfs"?

Повторная переустановка calculate-sources нормально отрабатывает?

Ничего не изменилось.

* Updating module dependencies for 3.18.6-calculate ...                                                                            [ ok ]
 * Конфигурация утилитами Calculate системных настроек grub ...
 * Создание Host-Only initramfs ...
 * Не удалось создать Host-Only initramfs
 *
 * Не удалось выполнить: /var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.3/3_ac_install_live/1-merge/sys-boot/grub/create_hostonly

Попробуй удалить &>/dev/null из строчек

dracut -H -f --kver $kernel_version $initrd_tmp &>/dev/null

В шаблоне /var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.3/3_ac_install_live/1-merge/sys-boot/grub/create_hostonly. И еще раз перезапустить.

 Создание Host-Only initramfs ...
 * Executing: /usr/bin/dracut -H -f --kver 3.18.6-calculate /boot/initramfs-3.18.6-calculate.img.tmp
 * dracut module 'bootchart' will not be installed, because command '/sbin/bootchartd' could not be fou                           nd!
 * dracut module 'dash' will not be installed, because command '/bin/dash' could not be found!
 * dracut module 'crypt' will not be installed, because command 'cryptsetup' could not be found!
 * dracut module 'multipath' will not be installed, because it's in the list to be omitted!
 * dracut module 'fcoe-uefi' will not be installed, because command 'dcbtool' could not be found!
 * dracut module 'fcoe-uefi' will not be installed, because command 'fipvlan' could not be found!
 * dracut module 'fcoe-uefi' will not be installed, because command 'lldpad' could not be found!
 * dracut module 'iscsi' will not be installed, because command 'iscsistart' could not be found!
 * dracut module 'iscsi' will not be installed, because command 'iscsi-iname' could not be found!
 * dracut module 'nbd' will not be installed, because command 'nbd-client' could not be found!
 * 95nfs: Could not find any command of 'rpcbind portmap'!
 * dracut module 'biosdevname' will not be installed, because command 'biosdevname' could not be found!
 * dracut module 'nfs' cannot be found or installed.
 * Не удалось создать Host-Only initramfs
 *
 * Не удалось выполнить: /var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.3/3_ac_install_live/1-merge/sys                           -boot/grub/create_hostonly

Как называются файлы в /usr/lib/dracut/dracut.conf.d/ и что в них находится?

ls /usr/lib/dracut/dracut.conf.d/
20-gentoo.conf  50-calculate.conf

 cat /usr/lib/dracut/dracut.conf.d/20-gentoo.conf
# /etc/dracut.conf.d/gentoo.conf
# dracut config file customized for Gentoo Base System release 2

libdirs="/lib /usr/lib" 
udevdir=/lib/udev
systemdutildir="/lib/systemd" 
udevaltdirs="/lib/udev /usr/lib/udev" 
ro_mnt=yes

#
# Modules
#

# i18n
i18n_vars="/etc/conf.d/keymaps:keymap-KEYMAP,extended_keymaps-EXT_KEYMAPS /etc/conf.d/consolefont:consolefont-FONT,consoletranslation-FONT_MAP /etc/rc.conf:unicode-UNICODE" 
i18n_default_font="LatArCyrHeb-16" 

omit_drivers+=" i2o_scsi" 

cat /usr/lib/dracut/dracut.conf.d/50-calculate.conf

omit_dracutmodules+=" multipath" 
add_dracutmodules+=" video nfs calculate" 
add_dracutmodules+=" plymouth" 

i18n_default_font="ter-v18n" 

Что находится в /etc/dracut.conf ?

В системе установлен пакет net-nds/rpcbind ?

cat /etc/dracut.conf
# PUT YOUR CONFIG HERE OR IN separate files named *.conf
# in /etc/dracut.conf.d
# SEE man dracut.conf(5)

# Sample dracut config file

#logfile=/var/log/dracut.log
#fileloglvl=6

# Exact list of dracut modules to use.  Modules not listed here are not going
# to be included.  If you only want to add some optional modules use
# add_dracutmodules option instead.
#dracutmodules+="" 

# dracut modules to omit
#omit_dracutmodules+="" 

# dracut modules to add to the default
#add_dracutmodules+="" 

# additional kernel modules to the default
#add_drivers+="" 

# list of kernel filesystem modules to be included in the generic initramfs
#filesystems+="" 

# build initrd only to boot current hardware
#hostonly="yes" 
#

# install local /etc/mdadm.conf
#mdadmconf="no" 

# install local /etc/lvm/lvm.conf
#lvmconf="no" 

# A list of fsck tools to install. If it's not specified, module's hardcoded
# default is used, currently: "umount mount /sbin/fsck* xfs_db xfs_check
# xfs_repair e2fsck jfs_fsck reiserfsck btrfsck". The installation is
# opportunistic, so non-existing tools are just ignored.
#fscks="" 

# inhibit installation of any fsck tools
#nofscks="yes" 

# mount / and /usr read-only by default
#ro_mnt="no" 

# set the directory for temporary files
# default: /var/tmp
#tmpdir=/tmp

net-nds/rpcbind не установлен

Проблема из-за nfs модуля - в шаблонах это поправил, но изменения пока еще не в основной ветке. Пропиши в /etc/dracut.conf

omit_dracutmodules+=" nfs" 

* Создание Host-Only initramfs ...
 * Host-Only initramfs создан
 * Конфигурирование grub
 * Утилиты Calculate изменили файлы:
 *      /etc/default/grub
 *      /etc/grub.d/00_header
 *      /etc/grub.d/10_linux
 * Конфигурация утилитами Calculate системных настроек dracut ...
 * Утилиты Calculate изменили файлы:
 *      /usr/lib/dracut/dracut.conf.d/50-calculate.conf
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/10i18n/module-setup.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/10video/load-video.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/10video/module-setup.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/10video/parse-cmdline.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/iso-scan-rootok.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/iso-scan.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/live-fallback.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/live-scan.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/module-setup.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/mount-squashfs.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/nfsroot.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/scratch-live-root.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/80calculate/scratch-mount-root.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/95tuxonice/module-setup.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/95tuxonice/tuxonice-lvmfix.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/95tuxonice/tuxonice-prepare.sh
 *      /usr/lib/dracut/modules.d/95tuxonice/tuxonice-resumecheck.sh

:-) Кажется работает. Спасибо за помощь.

Шаблон /var/lib/layman/calculate/profiles/templates/3.3/3_ac_install_live/1-merge/sys-boot/grub/create_hostonly
вернул в исходное состояние.