Если верить документации шаблон можно описывать при помощи регулярных выражений языка программирования Python, однако в регулярке не поддерживается символ ^ - начало строки.
К примеру:
следующий шаблон для /etc/nanorc работает корректно

# Calculate format=patch
<reg>#\s+(set\s+(autoindent|const|morespace|noconvert|nonewlines|nowrap|regexp|smarthome|smooth|softwrap)|include)</reg>
<text>\1</text>
<reg>#\s+(set\s+tabsize)\s+\d+</reg>
<text>\1 4</text>

Если же добавить указатель начала строки - шаблон не срабатывает

# Calculate format=patch
<reg>#\s+(set\s+(autoindent|const|morespace|noconvert|nonewlines|nowrap|regexp|smarthome|smooth|softwrap)|include)</reg>
<text>\1</text>
<reg>#\s+(set\s+tabsize)\s+\d+</reg>
<text>\1 4</text>

Это один из примеров, где такое может быть необходимо. И здесь такая ошибка не приводит к серьезным проблемам (просто, без указания начала строки, чуть портится один из комментариев)
Конечно, того-же можно было-бы добиться и через exec-шаблон, вызвав из него sed с параметрами.
Но если есть format=patch, использовать sed, имхо, будет сродни хинди-кодингу.

Кажется я уже поднимал эту тему только при переходе на calculate3 утилиты, но не в багтрекере. Надеюсь после того, как описал эту проблему тут - она будет решена.