Состав ПО обсуждается в рассылке. Не думаю что все согласятся что в дистр нужно запихнуть все возможные "CVS"-ы.
Что касается флага, на layman он никак не влияет. А вот устанавливаться GIT должен из app-misc/cl-base-meta, т.к. именно Git необходим для обновления оверлея. А уж через layman это будет происходить или нет, другой вопрос. У layman-а тоже есть свои тараканы. При мне он пару раз менял свое расположение. Причем понятно было что оно выбрано на скорую руку и неправильное.