Свои ключи компилятора для некоторых пакетов

где есть описание использования отличных от прописанных в /etc/make.conf ключей компилятора для некоторых пакетов

Если вы про USE-флагов, то
/usr/portage/profiles/use.desc
/usr/portage/profiles/use.local.desc

Если про CFLAGS/CXXFLAGS, то
# man gcc

А вообще вы можете найти много информации в инете по запросу
gentoo настройка make.conf

Вот интересующий вас документ