Использовали опцию --mdadm ?

Да, использовал, сори не четко выразился

Попробуйте указать mdadm.conf в /etc/genkernel.conf или использовать UUID для загрузки системы. domdadm присутствует в параметрах ядра?

domdadm присутствует, загружаемый диск указан по UUID.
Раскомментировал строчку в genkernel.conf: MDADM_CONFIG="/etc/mdadm.conf"
Но в initrd mdadm.conf так и не появился

Есесно по указанному пути файл такой есть

Выполните

cl-kernel --initrd --mdadm

Прощу прощения, что так внезапно исчез. А можно пояснить какое ожидается поведение? Т.к. судя по хелпу опция initrd должна только оптемизировать inird. Т.е. если сейчас у меня есть в нем mdadm.conf, то он должен остаться.

initrd у cl-kernel переформировывает initramfs. Сообщение в хелпе ошибочное, так как уже более года initramfs для загрузки модулей использует udev, что позволяет загружать только те модули которые необходимы, и не перепаковывать initramfs для оптимизации.

Т.е. если сейчас у меня есть в нем mdadm.conf, то он должен остаться.

Если у вас в системе есть /etc/mdadm.conf, то он будет запакован в новый initramfs.

Ну, при последних обновлениях ядра уже проблем не было